硝酸纖維素膜（NC膜）是蛋白印跡實驗的標準固相支持物。在低離子轉移緩沖液的環境下，大多數帶負電荷的蛋白質會與硝酸纖維素膜發生疏水作用而高親和力的結合在一起，雖然這其中的機制還不是十分清楚，但由于硝酸纖維素膜（NC膜）的這個特性，而且易于封閉非特異性結合，從而得到了廣泛的應用。

在非離子型的去污劑作用下，結合的蛋白還可以被洗脫下來。根據被轉移的蛋白分子量大小，要選擇不同孔徑的硝酸纖維素膜（NC膜）。因為隨著膜孔徑的不斷減小，膜對低分子量蛋白的結合就越牢固。但是膜孔徑如果小于0.1mm，蛋白的轉移就很難進行了。

從膜的質地上來看，最重要的指標就是單位面積上能夠結合的蛋白的量。硝酸纖維素膜（NC膜）的結合能力主要與膜的硝酸纖維素的純度有關，市場上有些硝酸纖維素膜（NC膜）通常會還有大量的醋酸纖維素，因而降低了蛋白的結合量。如果采用的是100%純度的硝酸纖維素， 保證了最大的蛋白結合量，可達80-150μg/cm2。由于100%的純度，因而也大大減少了非特異性的結合，降低雜交背景，無需高嚴謹度的洗脫步驟。其次，膜的強度和韌性也是需要考慮的因素。常規的硝酸纖維素膜比較脆，漂洗一兩次就會破損，不能反復使用。

回收PVDF膜即聚偏二氟乙烯膜（polyvinylidene fluoride）是蛋白質印跡法中常用的一種固相支持物。PVDF本質是一種疏水性的聚合物，在水溶液中不會浸濕，為了在水性緩沖液和系統中使用PVDF膜，首先必須將其浸泡在50%（v/v）或更高濃度的醇溶液中。（PVDF膜在使用時需預處理，用甲醇處理的目的是活化膜上的正電基團，使其更容易與帶負電的蛋白結合。）甲醇、乙醇和異丙醇都適合浸泡這種膜。隨著膜的外觀從不透明到半透明，完全浸濕是顯而易見的。之后必須用水反復沖洗以去除醇類，經預處理的膜可以直接放入轉印緩沖液中平衡。

一旦膜被浸濕，蛋白結合可通過蛋白與膜的接觸而實現。由于蛋白與膜的結合貫穿整個膜的厚度（深度），結合能力是由孔的內部表面積來決定的，隨著膜孔徑的不斷減小，膜對低分子量的蛋白結合就越牢固。0.2um PVDF膜內部表面積大約是0.45um PVDF 膜的三倍，使其吸附能力更高。PVDF膜是疏水性的，一般大于20kD的蛋白就可以用0.45μm的膜，小于20kD的蛋白就要用0.2μm的膜。